Querer a alguien como a las niñas de los ojos es quererle mucho.

Y ser las niñas de los ojos se dice de la persona a quien tenemos mucho cariño.

Sin duda los ojos es una parte del cuerpo apreciadísima, y así es común utilizar estas expresiones como paralelismo con el aprecio que sentimos por esa persona. También es habitual utilizar en este tipo de expresiones términos como corazón, vida, entrañas mías y otros igualmente apreciados.

Niña es otro nombre por el que se conoce la pupila, que es la abertura circular o en forma de rendija de color negro, que el iris del ojo tiene en su parte media y que da paso a la luz.

En latín pupilla significa ‘niñita, muñequita’ como diminutivo de pupa, ‘niña, muñeca’ y esta alusión al ojo hace posiblemente referencia a la persona diminuta que se aprecia en la parte central del iris del ojo de la persona que tenemos enfrente y que no es más que nuestra propia imagen reflejada. Lo que ha llevado a algunos a enfatizar las locuciones anteriormente mencionadas, pues consideran que a nadie se quiere tanto como a uno mismo, que es lo que, en realidad, se espejea en las pupilas.

Como añadido comentar que en francés muñeca es poupée, y que en catalán también se llama nina o nineta dels ulls (niña o niñita de los ojos) a la pupila.